バベシア症は，ニューイングランド地方南部の動物の風土病として知られ，ダニに媒介されるマラリア様の疾患である．クリンダマイシンとキニーネの 1 コースの投与が標準治療であるが，有害反応の発現頻度が高く，失敗に終わることがある．これに代わる治療として，アトバコン（atovaquone）とアジスロマイシンの併用が有望である．

マサチューセッツ州のナンタケット島，ロードアイランド州のブロックアイランド島，およびコネチカット州の南部において，生命を脅かすほどではないバベシア症の 58 例の被験者を対象として，二つのレジメンの前向き非盲検無作為化試験を実施した．これらの被験者を，アトバコン（750 mg を 12 時間ごと）とアジスロマイシン（治療 1 日目は 500 mg，2 日目以降は 250 mg）を 7 日間投与する群（40 例）と，クリンダマイシン（600 mg を 8 時間ごと）とキニーネ（650 mg を 8 時間ごと）を 7 日間投与する群（18 例）に割り付けた．

副作用は，アトバコンとアジスロマイシンの投与を受けた被験者では 15%から報告されたのに対して，クリンダマイシンとキニーネの投与を受けた被験者では 72%から報告された（p＜0.001）．アトバコンとアジスロマイシンで発現頻度の高かった副作用は，下痢，発疹であり（いずれも被験者の 8%），クリンダマイシンとキニーネでは，耳鳴（39%），下痢（33%），聴覚の低下（28%）であった．治療開始後 3 ヵ月の時点で症状が消失していた割合は，アトバコンとアジスロマイシンの投与を受けた被験者では 65%，クリンダマイシンとキニーネの投与を受けた被験者では 73%であった（p = 0.66）．6 ヵ月以上症状が持続していた患者はいずれの群にもいなかった．割り付けられたレジメン完了後 3 ヵ月の時点で，いずれの被験者の血液にも，顕微鏡検査で寄生虫は認められず，Babesia microti の DNA も検出されなかった．

バベシア症の治療において，アトバコンとアジスロマイシンのレジメンは，クリンダマイシンとキニーネのレジメンと比較して有効性は同程度であり，発現する有害反応が少ないことと関連する．