無作為試験において，慢性期慢性骨髄性白血病（CML）患者 1,106 例を，初期治療としてイマチニブ，あるいはインターフェロンα ＋シタラビンに割付けた．この試験に参加し，細胞遺伝学的に完全寛解した患者全例の血液で，BCR-ABL の転写量を測定した．

BCR-ABL 転写量は，定量的リアルタイム PCR 法によって測定した．結果は，未治療の慢性期 CML 患者 30 例の血液における BCR-ABL の転写量の中央値と比較して表した．

細胞遺伝学的に完全寛解した患者において，治療 12 ヵ月後の BCR-ABL の転写量は，イマチニブ群患者の 57%とインターフェロン＋シタラビン群患者の 24%で，少なくとも3 log 減少していた（P＝0.003）．イマチニブ群 68%，インターフェロン＋シタラビン群 7%という 12 ヵ月の時点での細胞遺伝学的完全寛解率に基づくと，BCR-ABL の転写量が少なくとも3 log 減少したのは，イマチニブ治療を受けた患者では 39%，インターフェロン＋シタラビン治療を受けた患者ではわずか 2%程度と推定された（P＜0.001）．24 ヵ月の時点で疾患が進行していない確率は，12 ヵ月の時点で細胞遺伝学的完全寛解であり，転写量が少なくとも3 log 減少した患者では 100%であったが，減少が 3 log 未満の患者では 95%，12 ヵ月の時点で細胞遺伝学的完全寛解でない患者においては 85%であった（P＜0.001）．

治療 12 ヵ月までに BCR-ABL の転写量が少なくとも 3 log 減少した CML 患者の割合は，イマチニブ治療患者で，インターフェロン＋シタラビン治療患者よりはるかに高かった．このレベルの分子的反応のあったイマチニブ群患者では，その後の 12 ヵ月間に疾患が進行するリスクはごくわずかであった．