上部消化管潰瘍患者はミソプロストールで治療することがあるが，ミソプロストールは子宮収縮を促進し，性器出血，流産を引き起こす可能性があるため，妊娠女性には推奨されていない．ミソプロストールを堕胎薬として経口，および経腟的に使用しているブラジルの最近のデータは，中絶を試みて成功しなかった女性におけるミソプロストールの使用と，その乳児におけるメビウス症候群（先天性顔面麻痺）との関連を示唆している．

ブラジルにおいて，メビウス症候群と診断された乳児の母親と，神経管閉鎖障害の乳児の母親とで，妊娠初期でのミソプロストールの使用回数を比較した．乳児の診断はすべて，1990 年 1 月 16 日～1996 年 5 月 31 日のあいだに，7 ヵ所の病院の臨床遺伝学者によってなされ，臨床遺伝学者は母親と面談し，ミソプロストールの投与に関する情報を記録した．

メビウス症候群の乳児 96 例を同定し，神経管閉鎖障害の乳児 96 例とマッチさせた．メビウス症候群の診断時の平均年齢は 16 ヵ月（範囲，0.5～78 ヵ月）で，神経管閉鎖障害の診断は，ほとんどが生後 1 週間以内になされていた．妊娠初期にミソプロストールを使用していたのは，メビウス症候群の乳児 96 例の母親のうち 47 人（49%）であったのに対し，神経管閉鎖障害の乳児の母親では 96 人中 3 人（3%）であった（オッズ比，29.7；95%信頼区間，11.6～76.0）．ミソプロストールを使用していたメビウス症候群の乳児の母親 47 人のうち，20 人は経口のみで使用し（オッズ比，38.8；95%信頼区間，9.5～159.4），20 人は経口および経腟的に使用し，3 人は経腟的に使用し，4 人は使用方法を報告しなかった．

ミソプロストールによる中絶の試みは，乳児におけるメビウス症候群のリスクの増加に関連する．